De hecho yo estoy actualizando ahora, y estaba usando unas cuantas cosas de repositorios no standard, como un unstable compiz-fusion.
En fin, el secreto es el siguiente:
sudo update-manager -d
Nota: Si uno no está usando Feisty, hay que actualizar primero la versión actual a Feisty, porque sino dicen que también se pueden romper cosas (Ej. Edgy -> Feisty -> Gutsy). Después dejo el update sobre cómo me funcionó a mí.
Update: Por ahora quedan algunos detallecitos (eclipse, compiz settings), pero en general todo funciona.
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