Quise correr el HelloWorldApp que está en el tutorial oficial de sun, y me dio este problema.
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: HelloWorldApp
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: HelloWorldApp
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:200)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:188)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:306)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:276)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:251)
at java.lang.ClassLoader.loadClassInternal(ClassLoader.java:319)
Estuve horas puteando, a todo el mundo le decían por ahí que era un problema de usar versiones distintas de compilador y virtual machine, cosa que no era mi caso.
Al final descubrí la solución, y era una chotada, por eso la pongo acá bien grande para que a nadie le pase:
En Eclipse, los source files van en /src
