export GDK_NATIVE_WINDOWS=truedonde /opt/eclipse/eclipse es la ruta al ejecutable de eclipse. Luego hay que hacer que el script se ejecutable:
/storage/eclipse/eclipse
chmod a+x eclipse_fix.sh
Luego cada vez que abrimos el eclipse tiene que ser a través de ese script.
Supuestamente esto va a estar arreglado en eclipse 3.5.2
**Alternativa que no probé**
Usar este ppa.